Nasceu com a designação de Asilo de São João, no dia 2 de julho de 1862, e foi uma iniciativa de um grupo de homens protagonizada pelo eminente parlamentar José Estêvão Coelho de Magalhães. Com a anuência do Ministro do Reino, Anselmo José Braancamp, José Estêvão reuniu as condições logísticas necessárias para albergar vinte jovens que tinham ficado sem teto, após a saída para França da congregação religiosa das Irmãs da Caridade.
O ano de 2012 marcou o fim de um trajeto de proteção, assistência, formação e educação de jovens raparigas com, precisamente, século e meio de existência. Hoje, o Internato de São João é uma residência universitária, mas projetos não faltam, com os olhos postos no futuro.